Varias organizaciones sociales y de derechos humanos, manifestaron su posición sobre la segunda vuelta del proceso electoral para elegir presidente y vicepresidente de la República. Las organizaciones felicitaron al pueblo salvadoreño por la ejemplar jornada de votación, que contó con una participación sin precedentes en la historia nacional.. 
Las organizaciones reconocieron el rol transparente, ágil e imparcial del Tribunal Supremo Electoral (TSE), que permitió contar con los resultados preliminares de la elección el mismo 9 de marzo, poniendo al acceso de toda la población los resultados. También reconocieron el papel de control que ha tenido el TSE hacia los organismos electorales temporales, sin que hasta el momento exista la más pequeña duda sobre la legalidad y legitimidad del proceso. Situación que ha sido respaldada por todos los organismos de observación electoral.
María Silvia Guillen, directora de FESPAD, planteó la preocupación e indignación por la actitud adoptada y el discurso subido de tono que ha expresado el partido ARENA, luego de conocer el escrutinio preliminar. Hasta hoy, ninguno de sus vigilantes, supervisores, ni alguno de los representantes que nombró ante los organismos temporales, han denunciado irregularidades en el proceso; son otros actores partidarios quienes negándose a aceptar los resultados electorales buscan descalificar y deslegitimar el proceso, así como al ente responsable de su administración.
Se señaló que tampoco es jurídicamente válida la pretensión de contar nuevamente cada uno de los votos, ya que el artículo 215, inc. 2°, del Código Electoral establece que el TSE sólo podrá ordenar la revisión de papeletas de votación cuando, en la suma de los votos impugnados, el resultado pueda cambiar al partido que haya resultado ganador, lo cual no es el caso, de acuerdo con las cifras oficiales del escrutinio.
Angel Ibarra, director de la UNES, llamó al respeto de la institucionalidad electoral y señaló que el hecho que las organizaciones hayan mantenido hasta ahora prudencia y silencio, no es por que no exista capacidad del movimiento social para defender la voluntad popular de la elección.
Las organizaciones demandaron a los partidos políticos, especialmente a ARENA, el respeto irrestricto al TSE y a las legislación vigente; debiendo respetarse la decisión que el pueblo salvadoreño tomó en las urnas y rechazaron los actos de violencia y de inestabilidad que están siendo generados con la intención de deslegitimar el proceso y los resultados electorales; algunos de los cuales podrían ser constitutivos de delito.
